Tercijarni tretman može biti uključen nakon SBR reaktora ili biorotora prvenstveno u cilju smanjenja koncentracije fosfora i azota. Ovo je posebno značajno u regionima gde su lokalne vlasti propisale visok kvalitet efluenta za ispuštanje u prirodne vodotokove ili za postrojenja u gradskim sredinama.

Takođe, tercijarni tretman često uključuje dezinfekciju vode što omogućava njenu naknadnu upotrebu za zalivanje poljoprivrednih kultura ili njenu ponovnu upotrebu.

Tercijarni tretman je uključen u slučaju viših zahteva za kvalitet efluenta a realizuje se, na primer, uz pomoć:

• Filtracije (gravitacioni ili peščani filter, doboš filteri sa mikronskim sitom, membranski filteri)
• Higijenizacija  (UV dezinfekcija, hlorisanje)
• Doziranja hemikalija za redukciju sadržaja fosfora

U ovom kontekstu ističemo mogućnosti tretmana sive vode čime se ova voda nakon visoko efikasnog tretmana može ponovo upotrebiti.